Michael Otto ist leidenschaftlicher Musik- und Kunstliebhaber. Er unterstützt zahlreiche Projekte und Institutionen in diesem Bereich. Vor allem seine Heimatstadt Hamburg profitiert davon.
Wie schon seine Schirmherrschaft für das Jugendmusikprojekt The Young ClassX zeigt, liegt Michael Otto die musikalische Bildung von Kindern und Jugendlichen sehr am Herzen. Deswegen unterstützte er wiederholt die staatliche Jugendmusikschule Hamburg. Sie ist die größte musikschulische Einrichtung in Europa und ermöglicht 23 500 Kindern und Jugendlichen eine musikalische Ausbildung. Für den Neubau der Schule 1999 und den neuen Konzertsaal 2011 spendete Michael Otto jeweils hohe Millionenbeträge.
Mit einem zweistelligen Millionenbetrag unterstützten Michael Otto und seine Frau Christl die Errichtung des ikonischen Gebäudes, das vom Schweizer Architekturbüro Herzog & de Meuron entworfen wurde.
Seit den 1980er Jahren fördert der Freundeskreis der Hochschule für Bildende Künste in Hamburg Studierende bei der Umsetzung ihrer ersten größeren Arbeiten. Außerdem unterstützt er seit 2009 Master-Studierende mit vier Jahresstipendien in Höhe von je 5.000 Euro. Michael Otto hat den Freundeskreis 1986 ins Leben gerufen, war lange dessen Vorsitzender und hat sich heute als stellvertretender Vorsitzender zeitlich etwas zurückgezogen.
Im Jahr 1989 wurde der Innenhof des Museums für Hamburgische Geschichte mit einem Glasdach versehen. Der Entwurf kam vom Architekturbüro Gerkan, Marg und Partner, finanziert wurde der Umbau mit Unterstützung von Michael Otto.
Außerdem fördert Michael Otto zahlreiche kulturelle Vorhaben von weiteren Hamburger Museen und Theater- und Opernprojekte.
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