Nach dem Abitur absolvierte Michael Otto eine Banklehre und anschließend ein volkswirtschaftliches Studium mit Promotion zum Dr. oec. publ. Bereits während des Studiums machte er sich im Grundstücks- und Finanzvermittlungsgeschäft selbstständig.
1971 trat Prof. Dr. Michael Otto in die Otto Group ein und übernahm den Vorstandsbereich Einkauf Textil, dem er eine neue Organisationsstruktur gab.
Sein Wunsch, der Gesellschaft etwas zurückzugeben, zeigt sich in der Vielzahl seiner Ehrenämter. Prof. Dr. Otto ist unter anderem Vorsitzender des Kuratoriums der Gesellschaft für Politik und Wirtschaft e. V., Hamburg (Haus Rissen); Stellvertretender Vorstandsvorsitzender im Kulturkreis der deutschen Wirtschaft im BDI, Berlin; Vorsitzender des Kuratoriums der Umweltstiftung Michael Otto; Vorsitzender des Kuratoriums der Werner Otto Stiftung für medizinische Forschung; Vorsitzender des Präsidiums der Stiftung KlimaWirtschaft (ehemals Stiftung 2° - Deutsche Unternehmer für Klimaschutz); Mitglied des Kuratoriums der Helmut und Loki Schmidt Stiftung; Ehrensenator der Deutschen Nationalstiftung; Mitglied im International Club of Rome; Ehrenvorsitzender des Stiftungsrates der Umweltstiftung WWF Deutschland; Ehrenmitglied des World Future Councils.